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两个等位基因控制一对相对性状的本质区别在于它们的核苷酸序列不同。等位基因是指位于同一基因座上，控制同一性状的不同形式的基因。每个等位基因都包含有遗传信息，决定了个体在某一性状上的表现。

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在DNA分子水平上，等位基因的区别主要体现在以下几个方面：

1. 核苷酸序列：等位基因之间的核苷酸序列不同，这种差异可以是一个或多个核苷酸的变化。这些变化可能导致氨基酸序列的改变，进而影响蛋白质的结构和功能。

2. 密码子：等位基因中的核苷酸序列差异可能改变编码氨基酸的密码子。例如，由于点突变（一个核苷酸的变化）导致密码子改变，从而产生不同的氨基酸。

3. 剪接变异：有些等位基因之间可能由于内含子或外显子的剪接差异而有所不同。

4. 启动子和调控序列：等位基因之间可能存在启动子或调控序列的差异，这些差异可以影响基因的表达水平。

由于这些差异，同一基因座的两个等位基因可以控制相对性状，如显性性状和隐性性状，从而在遗传过程中表现出多样性。

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